대기업외에 세종시로 이전할 교육기관으론 고려대와 KAIST의 입주가 사실상 확정됐다. 고려대는 연구 중심의 융·복합 캠퍼스를 세종시에 설립하는 방안을 유력하게 검토하고 있다. 인근 대전에 캠퍼스를 가진 KAIST는 세종시 분교를 지으면서 현재 970명인 학부 정원을 200~300명 늘릴 가능성이 있는 것으로 알려졌다.

반면 관심을 모았던 서울대 캠퍼스 유치는 불투명한 상황이다. 정부 관계자는 "서울대측과 협의 중이지만 최종 대안 발표 때 포함시킬 수 있을지 현재 확신할 수 없는 상황"이라고 말했다. 서울대는 단과대별 의견 조율이 완전히 끝나지 않은데다, 소속 교수들이 정치적 성향에 따라 입장을 달리해 세종시 입주 문제를 최종 결정하지 못한 것으로 알려졌다. 작년 연말 서울대의 숙원사업인 법인화 문제를 정부가 매듭지으면서 정부와 서울대 간 빅딜설(說)이 불거졌는데, 이에 대한 여론 반발도 부담인 것으로 알려졌다.