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건국대는 또한 건국대만의 강점을 살려 생명과학 분야 특성화와 ICT 기반 융합과학기술 분야의 전략적 투자에 집중한다. 바이오생명공학 분야와 융·복합공학 분야 학과들을 발굴해 KU융합과학기술원을 신설하고 차별화된 융합 기반 교육과정을 제공한다. KU융합과학기술원은 학부와 대학원을 연계해 '4+1 학·석사 통합과정'으로 운영되는 미래형 융합인재 양성의 메카로 육성한다는 계획이다. KU융합과학기술원에는 줄기세포재생공학과, 의생명공학과, 화장품공학과, 미래에너지공학과, 스마트ICT융합공학과, 스마트운행체공학과, 시스템생명공학과, 융합생명공학과 등 총 8개 프라임 선도 학과가 신설돼 333명의 관련 분야 전문가를 육성한다.

미래에너지공학과는 OLED 기반의 웨어러블 기기와 ESS(에너지 저장 시스템), 태양전지, 스마트그리드의 기술 개발 역량을 갖춘 전문 인력을 육성하기 위해 화학, 공학, 이학 분야를 융·복합해 교육한다. 스마트ICT융합공학과는 IT를 기반으로 문화와 콘텐츠 관련 융·복합 교육을 진행해 ICT 분야 서비스나 제품을 직접 기획, 개발할 수 있는 전문 인력 양성을 목표로 하고 있다. 스마트운행체공학과는 스마트무인기전공과 스마트자동차전공 2개 과정과 운행체, 인지, 지능, 구동 등 4개 부문을 중심으로 설계, 프로그래밍, IT 등 소프트웨어, 공학 융·복합 교육으로 스마트 운행체 개발 전문 인력을 양성할 계획이다. 시스템생명공학과는 기초과학 영역부터 심화 생명공학까지 폭넓게 다루기 위해 학부생연구과정, 학부생커리어과정, 학부생글로벌과정 등을 운영한다. 융합생명공학과는 '융합생명공학 BT-CARE 프로그램'을 통해 바이오, 생물공학, 화학공학, IT 등과 연관한 융·복합 교육을 진행한다. 의생명공학과는 분자·나노진단, 영상의학 등 나노·정보·공학의 학문 분야와 분자·세포생물학 등 생명과학 분야, 바이오시밀러, 전임상시험 등 바이오 공정 분야를 종합 교육해 스마트 헬스케어 전문 인력을 양성한다. 화장품공학과는 국가 기간산업으로 육성 중인 화장품 산업에 특화된 학과다. 화장품소재학, 제조공정학, 피부의과학 등 화장품에 특화된 이학·공학 지식을 실무 중심으로 교육한다.