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◇내신성적 반영학기에서 자유학기는 제외⋯ 3학년 2학기 성적 추가 제출 학교도 있어
과학고는 내신성적을 반영할 때 각 학교가 정한 반영학기의 수학/과학 과목의 성취도를 반영한다. 반영학기는 대부분의 과학고가 1학년 1학기부터 3학년 1학기까지 총 5개 학기를 반영범위로 정하고 있다. 이때 반영학기 범위 안에서 내신성적이 나오지 않는 자유학기가 있을 경우 이를 제외한 나머지 학기의 성적을 반영한다. 과학고 중에서도 서울과 제주지역은 자유학기제가 보통 1학년 때 실시되는 해당 지역의 실정을 감안해 자유학기가 포함되지 않는 2학년 1학기부터 3학년 1학기까지 오직 3개 학기를 반영한다. 또, 학교에 따라서는 2단계 면접평가 시 3학년 2학기 성적을 제출하는 학교도 있으므로 이에 해당하는 학교에 지원하는 학생은 마지막까지 성적 관리에 최선을 다해야 한다. 학교에 따라 자유학기가 아닌 다른 사유로 성적이 없는 학기가 있을 경우에는 학교별로 마련한 성적 대체 기준에 따르며 이에 대한 자세한 내용은 각 학교의 모집요강에서 확인할 수 있다.