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건양대는 정부의 특성화 사업과 별도로 대학 주도의 특성화 지원사업 'Konyang-CK)'도 벌이고 있다. 학과 및 단과대학 교육여건 개선, 산학협력 활성화 등 정부 지원을 받지 않고 대학 스스로 특성화 교육의 기반을 구축하는 프로그램이다. 교비 50억원을 투입해 5년간 추진되며 교육부가 국비지원하는 지방대 특성화 사업에서 제외된 학과를 대학 차원에서 지원, 대학내 균형적인 특성화 기반을 갖추고 학과 경쟁력 강화 및 체질개선이 목표다.

선정된 사업단은 연차별 평가를 통해 우수 사업단은 다음해 예산을 추가 지원하고 실적이 저조한 사업단은 사업에서 탈락시키는 서바이벌 방식으로 진행된다. 중복지원을 피하기 위해 정부 국책사업에서 지원받는 사업은 원천적으로 배제된다. 건양대 김희수 총장은 "우리 대학은 일찍부터 다양한 특성화 학과를 통해 명성을 떨쳤고 앞으로도 시대의 흐름에 맞는 특성화 교육을 진행하겠다"며 "이번 사업 역시 특성화 대학의 롤 모델로 자리잡기 위한 건양대의 선도적인 프로그램"이라고 말했다

건양대학교는 1991년 설립된 후발대학으로서 기존 대학들과 차별화하기 위해 끊임없이 변화하고 새로운 도전을 계속해왔다. 특히 지방 대학을 바라보는 대다수 국민들의 편견을 극복하기 위해 건양대는 처음부터 '최초의 대학', '유일한 대학' 타이틀을 획득하는데 총력을 기울였다.

그러다보니 23년이라는 비교적 짧은 역사 안에서도 '최초'의 타이틀을 많이 갖고 있다. 2011년 전국 최초로 시행한 '동기유발학기'는 교육부 ACE사업의 대표적인 성과모델로 자리잡았으며 타대학에서 앞다퉈 건양대를 방문해 관련 내용을 벤치마킹하고 6개 대학에서 유사 프로그램을 실시하고 있다. 또 2012년 전국 최초로 신설한 융합전문단과대학인 '창의융합대학'은 1년 2학기로 운영되는 학사제도에서 탈피해 4주를 1학기(년 10학기제)로 운영하는 집중교육 시스템을 도입해 기존 학사제도의 틀을 완전히 깼다.