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하지만 자사고 폐지를 공약으로 내세운 조 교육감은 7월 1일 취임한 직후 "1차 평가 지표로는 자사고를 제대로 평가하지 못한다"며 "2차 평가를 해 점수를 합산하겠다"고 밝히고 추가 평가를 진행했다. 2차 평가는 △중학교 성적 상위 학생 비율 △타학군 학생 비율 △자사고 인근 일반고·중학생 대상 설문 조사다. 2차 평가에서는 14개 자사고가 모두 기준 점수(70점)에 미달됐다.

하지만 이 2차 평가가 공정하지 못하다는 비판이 쏟아지자 조 교육감은 "1차와 2차 평가를 종합해 다시 지표를 만들어 평가해 최종 결론을 내리겠다"고 밝혔다.

조 교육감의 '최종 평가 지표'는 교육부가 제시한 27개 지표에 교육청이 3개 지표를 추가해 구성됐다. 3개 지표는 '자사고 운영에 대해 어떻게 인식하고 있는지에 대한 자사고 학생 설문조사' '학부모의 자부담 금액의 적절성' '학생들의 자치 활동'이다. 1차 평가 때는 모든 자사고가 재지정 기준 점수를 넘겼는데, 여기에 3개 지표를 추가한 최종 평가에서 8군데나 미달한 것은 결국 교육청 재량 평가 항목의 영향이 컸던 것으로 분석된다.

◇교육부 "평가 부당해 인정 안 하겠다"

현행 초중등교육법은 시도교육감이 5년마다 자사고를 평가해 지정 취소 여부를 결정하도록 규정하고 있다. 단, 교육감이 지정된 자사고를 취소하려면 교육부와 '협의'하도록 되어 있다. 교육부는 교육감이 지정 취소 협의를 해오면, '동의' 또는 '부동의'를 결정해 교육감에게 알려줘야 한다.