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자사고 지정 취소를 적용하는 것을 2016학년도로 미룬 것에 대해 자사고들은 '눈 가리고 아웅'이라며 반발하고 있다. 김용복 서울자사고교장협의회 회장은 "이듬해 지정 취소될 학교에 지원하라는 것은, 법정 소송에 걸려있는 아파트 전세를 얻으라는 것과 같다"며 "자사고들을 와해시키고 일반고로 알아서 전환하도록 만들기 위한 전략으로밖에 보이지 않는다"고 말했다.

◇'100% 추첨으로' 유지될까

조 교육감이 2016학년도부터 자사고 입학 전형을 '완전 추첨제'로 바꾸겠다고 한 것도 논란이다.

서울의 자사고는 지난해까지 중학교 내신 성적 상위 50% 이내 학생들을 대상으로 신입생을 추첨 선발했는데, 지난해 교육부가 2015학년도 입시부터 내신 성적 제한을 없애고 '1.5배수 추첨 후 면접'으로 바꾸었다. 그런데 조 교육감은 내년도부터는 면접도 보지 않고 무조건 지원자 전원을 대상으로 추첨하는 식으로 또 바꾸겠다는 것이다. 조 교육감은 "자사고가 우수한 학생을 뽑아가 일반고들에 상대적 박탈감을 준다"며 "굳이 면접을 보지 않고 추첨 선발로도 자사고의 소기 목적을 달성할 수 있다고 생각한다"고 말했다.

현재 초중등교육법 시행령에 따르면, 자사고 입학 전형은 학교장이 결정하고 교육감 승인을 받도록 돼 있다. 교육부령인 '자사고 지정·운영 규칙'은 서울 외 지역의 자사고는 입학전형을 학교장이 정하고, 서울의 자사고는 지원자 추첨 또는 추첨과 면접으로 학생을 선발하도록 돼 있다. 하지만 지금까지는 교육부가 자사고 입학 전형에 대해 시도교육청에 '지침'을 내려 정해주었다.