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조사대상 학생 가운데 136만6799명이 설문에 참여해 약 25%의 회수율을 기록했다. 하지만 조사과정에서 오류와 문제점도 지적됐다. 일부 초등학교에서 1~3학년 학생에게도 설문조사를 실시해 조사대상보다 회수된 설문지가 더 많은 현상이 나타난 것이다. 예컨대 전남 장성 성산초등학교의 경우 설문 대상 학생(4~6학년)은 54명이었지만 실제 응답자 1~3학년도 포함된 104명으로 설문지 회수율이 192.6%를기록했다. 경북 청도 동산초등학교는 대상 학생이 4명이지만 11명이 설문지를 보내와 366.7%의 회수율을 보였다. 설문지 회수율이 100%를 넘는 학교가 201개교였다. 이와 관련 교육과학기술부는 "일부 학교에서 조사 지침을 이해하지 못해 초등학교 1~3학년생까지 설문지를 돌렸다"고 밝혔다.

일부 학교의 설문지 회수율이 낮은 것도 지적됐다. 최근 학교폭력 자살 사건이 발생한 경북 영주중학교의 경우 회수율이 8.2%에 그쳤다. 한 명도 응답하지 않은 학교는 143곳이었다. 때문에 "응답 회수율이 낮은 학교는 실태를 제대로 파악하기 어렵다"는 비판도 나왔다.