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하지만 국·공립대는 여전히 현실적인 이유를 들며 보조 급여 지급을 계속할 수밖에 없는 상황이라고 설명한다. 서울 소재의 한 대학교수는 "국·공립대 교직원은 사립대에 비해서 임금이 낮다"면서 "기성회비를 통해 보수 수준을 사립대와 큰 차이가 나지 않게 유지해줘야 우수 교원 유치가 가능해 대학 경쟁력을 키울 수 있다"고 했다. 또 다른 대학 관계자는 "보조 급여라고 하지만 대부분은 연구 목적으로 지급된다. 결국 학생에게 혜택이 돌아간다"고 했다.

이같은 상황은 정부가 국공립대 교직원 보수규정을 제대로 제정해 운영하지 않아 나타난 것이다. 현행 공무원 보수규정(대통령령)에는 공무원 봉급은 국고에서 지급하도록 규정하고 있다. 반면 교과부 훈령에서는 등록금으로 조성된 기성회비로 연구비 등 교수 인건비를 지원할 수 있도록 허용했다.

두 규정이 모순되는 상황에서 서울대 등 국공립 대학들은 기성회비에서 일부를 교수 연구비 등으로 지원해 온 것이다.

하지만 감사원과 국민권익위원회에서는 "수십년된 관행이지만 학생 등록금으로 연구비를 지급한 것은 개선되어야 한다"고 지적한 것이다.

또 감사원 등은 기성회비를 일반 교원과 행정 직원까지 직급에 따라 똑같이 나눠 가지는 것을 문제 삼았다.